کافئین می‌تواند دستگاه گوارش را بهبود بخشد و به سلامت روده کمک کند، اما کارشناسان توصیه می‌کنند ازمصرف آن بعد ازظهر یا در صورت ابتلا به سندرم روده تحریک‌پذیر خودداری شود. 

قهوه و باکتری‌های مفید روده
اثرات قهوه فقط به حرکت روده محدود نمی‌شود: مصرف منظم قهوه با بهبود سلامت کلی دستگاه گوارش نیز مرتبط است.
شواهد فزاینده‌ای نشان می‌دهد افرادی که به طورمرتب قهوه می‌نوشند، میکروبیوم روده (تریلیون‌ها میکروبی که به هضم و جذب مواد مغذی کمک می‌کنند) متفاوتی دارند و میکروب‌های مفید بیشتری درروده آن‌ها یافت می‌شود.قهوه یکی ازمنابع اصلی پلی‌فنول‌ها (گروهی ازترکیبات آنتی‌اکسیدانی که این میکروب‌ها ازآن‌ها تغذیه می‌کنند) دررژیم غذایی ما هست؛ همچنین حاوی مقدارکمی فیبر است.
زمان‌بندی، مهم‌تر از همه چیز
وقتی می‌خواهیم از قهوه برای سلامت روده استفاده کنیم، زمان مصرف اهمیت دارد، زیرا سلامت روده با سلامت کل بدن مرتبط است. کافئین نیمه‌عمرطولانی دارد و می‌تواند برای برخی افراد تا ۱۲ ساعت دربدن بماند و خواب را مختل کند. خواب ضعیف با سلامت ضعیف روده، ارتباط مستقیم دارد. خستگی ناشی ازیک شب بدخوابی همچنین می‌تواند به انتخاب‌های غذایی ناسالم منجر شود که خود عاملی منفی دیگر برای سلامت دستگاه گوارش است.
توصیه کارشناس: قهوه، فقط قبل از ظهر
کارشناسان توصیه می‌کنند فقط قبل از ظهر، قهوه کافئین‌دار بنوشید و بعدازظهر از قهوه بدون کافئین یا دمنوش گیاهی استفاده کنید تا ازمزایای قهوه برای سلامت روده بهره‌مند شوید بدون این که کیفیت خواب و درنتیجه سلامت کلی بدن خود را به خطر بیندازید.