بدو‌ن تردید ارتحال مرجع عالی‌قدر و فقیه وارسته، آیت‌ا...‌العظمی سیدموسی شبیری زنجانی، ضایعه‌ای سنگین و سترگ برای تراث کهن علمی و فقه اصیل شیعی به شمار می‌رود؛ شخصیتی که نه‌تنها از استوانه‌های کم‌نظیر فقاهت، علم اصول، حدیث و رجال در دوران معاصر بود، بلکه با مشی اخلاقی، طمأنینه و انصاف کم‌مانند خود، تصویری متعالی از اصالت و سعه‌صدر فقاهت را بازنمایی می‌کرد.اگر بنا باشد سیره اجتماعی آیت‌ا... شبیری زنجانی در یک خصیصه برجسته خلاصه شود، «رواداری، حلم و انصاف» بهترین تعبیر برای آن است. ایشان در عین استواری بر سنت اصیل اجتهاد و برخورداری از آرا و مبانی روشن، همواره پناهگاهی معنوی و لنگرگاهی آرامش‌بخش برای عموم شاگردان،  فضلا و سلایق گوناگون بود. دفتر ایشان به روی همگان گشوده بود و مشی ایشان بر مدار تواضع، مدارا، پاسداشت حرمت عالمان و حفظ پیوندهای وثیق درون حوزوی استوار بود؛ رفتاری برگرفته از تقوا و زهد صادقانه که سبب شد همواره محبوبیتی عام و احترامی فراجناحی نزد همگان پدید آورد.این رواداری و متانت، خصلتی تصنعی، تشریفاتی یا ناشی از مصلحت‌اندیشی‌های متعارف نبود؛ بلکه جلوه‌ای عینی از پختگی روحی و تعمق معنوی فقیهی به شمار می‌رفت که سال‌ها در پیشگاه آموزه‌ها و معارف بلند حضرات اهل‌بیت(ع)، جان و روح خود را تعالی بخشیده بود.  
​​​​​​​
 آیت‌ا... شبیری زنجانی به سنت و اصالت حوزه شیعی باورمند بود که بر پایه آن، اختلاف در انظار علمی و حتی تفاوت در رویکردها نباید حریم برادری ایمانی و الفت انسانی را خدشه‌دار کند. طلاب و فضلایی که به محضر ایشان می رسیدند، فارغ از هرگونه تعلقات و مشرب‌ها، در فضایی سرشار از کرامت، طمأنینه و گوش شنوا پذیرفته می‌شدند.
 این آغوش باز و خُلق کریمانه، نه‌تنها شأن مرجعیت را در چشم نسل جوان و نخبگان جامعه اعتلا بخشید، بلکه نشان داد که می‌توان در قله اجتهاد سنتی ایستاد و در همان حال، الگویی مثال‌زدنی از مدارا، نزاکت در قامت فقاهت و حفظ حرمت مؤمنان بود.
علاوه بر این، در مناسبات اجتماعی و تعامل با اهل نظر، همواره اصل را بر خیرخواهی خاموش و گره‌گشایی‌های مؤمنانه قرار می‌داد. پرهیز تعمدی ایشان از جنجال‌های روزمره و امتناع از ورود به جدال‌های فرساینده، سبب شد تا جایگاه معنوی و علمی ایشان همچون تکیه‌گاهی آرامش‌بخش برای حوزه‌های علمیه حفظ شود. این مشی  و وقار کم‌نظیر، احترامی عمیق را در قلوب عموم حوزویان برانگیخت و نام ایشان را به عنوان فقیهی باانصاف، نجیب و برخوردار از رواداری علوی جاودانه ساخت.
  ژرفای نگاه اجتهادی
در ساحت علم، بی‌تردید آیت‌ا... شبیری زنجانی از درخشان‌ترین ثمرات حوزه علمیه و از اساتید برجسته فقاهت در سده اخیر بود. تسلط ایشان بر ابواب مختلف فقه، مبتنی بر دقت، احاطه بر متون قدما و ذکاوت فوق‌العاده در تحلیل مسائل بود. چنان‌که مرجع عالی‌قدر، آیت‌ا...‌العظمی جعفر سبحانی روز گذشته در تجلیل از این جایگاه والا یادآور شد: «ایشان فقه را چشیده بود؛ برخی فقه را می‌فهمند، اما ایشان از ابتدا تا انتهای دوره فقه را چشیده و در مسائل مختلف صاحب‌نظر بود.»این تسلط ذوقی و اجتهادی عمیق، حتی در آثار مکتوب ایشان کاملاً هویداست و نشان از متانتی دارد که تنها در تراز فقهای تراز اول به چشم می‌خورد.این تعبیر ژرف که «ایشان فقه را چشیده بود»، تفاوت میان یک آگاهی صرفاً مفهومی با دریافت شهودی و رسوخ‌یافته فقهی را تبیین می‌کند. آیت‌ا... شبیری زنجانی فقه را به مثابه منظومه‌ای به هم‌پیوسته و زنده می‌شناخت که هر فرع آن با اصول متقن کتاب و سنت در پیوند است. در شیوه تدریس خارج فقه، ایشان هرگز به نقل سریع اقوال یا تکرار آرای متأخران بسنده نمی‌کرد، بلکه با ژرف‌نگری ویژه به سراغ ریشه‌های تاریخی هر مسئله در کلمات فتاوای متقدمین چون شیخ طوسی، شیخ مفید، سید مرتضی و ابن‌ادریس می‌رفت. ایشان نشان می‌داد که چگونه یک اصطلاح یا یک تلقی خاص در طول قرون متمادی دستخوش دگرگونی شده یا چگونه یک فتوا از بستر اولیه نزول روایات شکل گرفته است. این نگاه ژرف و پیوند فقه با تاریخ صدور متون، افقی نو پیش چشم شاگردان می‌گشود و از تقلیل فقه به سلسله‌ای از انتزاعیات ذهنی جلوگیری می‌کرد.
حلقه درس خارج فقه ایشان طی چندین دهه، پرورش‌گاه نسلی از مجتهدان، مدرسان سطوح عالی و صاحب‌نظران حوزوی بود. طلاب زبده در درس ایشان مشق اجتهاد روشمند و احتیاط علمی می‌کردند. وسعت تتبع و احاطه استثنایی ایشان به گونه‌ای بود که اگر مسئله‌ای فقهی یا ادعای اجماعی مطرح می‌شد، به‌سرعت موافقان و مخالفان آن را از میان فقهای قرون نخستین تا معاصران با دقت حیرت‌انگیز برمی‌شمرد. 
صاحب‌مبنا و سرآمد در علم رجال
بزرگ‌ترین تمایز علمی مرحوم آیت‌ا... شبیری زنجانی، احاطه حیرت‌انگیز و استثنایی ایشان به علم رجال، انساب، تراجم و تاریخ اسلام بود. کمتر فقیهی در دوران متأخر توانسته است مانند ایشان، زنجیره‌های اسناد و طبقات راویان را با این درجه از نقادی و استدلال بررسی کند. ایشان صرفاً ناقل اقوال رجالی نبود، بلکه همان‌طور که آیت‌ا...‌العظمی سبحانی تصریح کرده است: در علم رجال شخصیتی «صاحب‌مبنا» به شمار می‌رفت؛ نظامی مستقل و تحلیلی در ارزیابی وثاقت راویان داشت و برای پذیرش یا رد هر گزاره رجالی، مستنداتی قوی و روشمند ارائه می‌داد. مجموعه ارزشمند «جرعه‌ای از دریا» و پژوهش‌های اسنادی ایشان، گواهی روشن بر این وسعت اطلاعات، استخراج دقیق نکات تاریخی رجالی و احیای سنت اصیل پژوهش در حوزه‌هاست.
 از تبار علم و فقاهت
علاوه بر این، حافظه خارق‌العاده و تسلط ایشان بر تاریخ علمای حوزه قم، نجف، مشهد و سامرا، ایشان را به یک تاریخ شفاهی زنده، وثیق و امین تبدیل کرده بود. سابقه ارتباط خاندان ایشان با مراجع عظام و دوستی ریشه‌دار والد ماجدشان، مرحوم آیت‌ا... حاج سید احمد زنجانی، با حضرت امام خمینی(ره) و بزرگان حوزه از دوران جوانی، گنجینه‌ای از مشاهدات عینی، مشاهدات تاریخی و سنن حوزوی را در اختیار ایشان نهاده بود؛ معلوماتی که همواره با امانتداری کامل، دقت شگفت‌انگیز و بدون کوچک‌ترین سوگیری به اهل فضل و پژوهشگران منتقل می‌شد.
حمایت از نهضت امام و پیوند دیرین با رهبر شهید
حجت‌الاسلام والمسلمین دکتر خسروپناه، دبیر شورای‌عالی انقلاب فرهنگی، با اشاره به ابعاد کمتربیان‌شده سیره آیت‌ا... شبیری زنجانی، بر پیوند عمیق این فقیه وارسته با آرمان‌های اصیل نهضت تأکید و خاطرنشان می‌کند که آن مرجع والامقام در کنار سلوک زاهدانه، همواره با نگاهی  ناصحانه به مصالح اسلام، جامعه و نظام اسلامی نگریست. او از پیشگامان امضای بیانیه‌های تاریخی اساتید حوزه در حمایت از نهضت امام خمینی(ره) در دهه چهل بود و پیوند دیرین، صمیمی و وثیقی با رهبرشهید انقلاب اسلامی، حضرت آیت‌ا... سیدعلی حسینی خامنه‌ای داشت؛ علقه‌ای ریشه‌دار در دهه‌ها رفاقت علمی و همدلی مؤمنانه که جلوه‌ای از همسویی مرجعیت اصیل با صیانت از کیان جامعه و ‌انقلاب اسلامی به شمار می‌رفت.
 زهد و جامعیت اخلاقی
در کنار قله‌های علمی، زهد، بی‌پیرایگی و ساده‌زیستی پیوسته در تمام شئون زیست حوزوی ایشان متجلی بود. عمری مداومت بر تقوا، سکوت حکیمانه، پرهیز از هیاهوهای گذرای روزگار و تمرکز تام بر پاسداری از حریم مکتب اهل‌بیت(ع)، شخصیتی ساخت که یاد و نامش همواره به عنوان الگویی جامع از یک «فقیه اصیل، جامع‌الاطراف و روادار» در تاریخ حوزه‌های علمیه شیعه جاودان خواهد ماند.این زهد و صفا در تمام زندگی فردی و عمومی ایشان به صورتی ملموس جریان داشت. آیت‌ا... شبیری زنجانی هیچ‌گاه اجازه نداد مظاهر دنیوی، تشریفات زائد و جلوه‌گری‌های مرسوم، میان او و زیست زاهدانه طلبگی فاصله بیفکند. بیت ساده و محقر ایشان در شهر مقدس قم، همواره پناهگاه اهل معرفت و سالکان علم بود؛ مکانی که در آن هیچ نشانی از تجمل دیده نمی‌شد و جز کتاب، مباحثه علمی، ذکر الهی و خدمت به مراجعان، اشتغال دیگری وجود نداشت. این سلوک عملی تجسمی عینی از بیان نورانی امیرالمؤمنین(ع) بود که زهد را نه در دست خالی داشتن، بلکه در وارستگی دل از تعلقات دنیا معنا می‌کردند.
آیت‌ا...‌العظمی سبحانی نیز در توصیف این ابعاد اخلاقی، با لحنی آکنده از تجلیل خاطرنشان می کند که ایشان به‌راستی «زاهد زمانه» بود و تمام دوران حیات با برکت خویش را با قناعت و بی‌پیرایگی سپری کرد. تواضع در گفتار و رفتار، حلم در پاسخ به استفسارات علمی، پرهیز قاطع از خودستایی و ترویج فضایل اخلاقی در میان شاگردان، سیمایی معنوی و قدسی از ایشان در اذهان حوزویان ترسیم کرده بود. ایشان تجسمی تمام‌عیار از نسلی تکرارناپذیر از عالمان شیعه بود که علم را با عمل، دقت فقهی را با خلوص باطنی، و احاطه رجالی را با رواداری اجتماعی درهم آمیخته بودند.رحلت این فقیه کم‌نظیر، اگرچه ثلمه‌ای جبران‌ناپذیر بر پیکر حوزه‌های علمیه وارد آورد، اما میراث پربار علمی، روش‌شناسی متقن در فقه و رجال، و خاطره سلوک انسانی و اخلاقی‌اش، تا نسل‌ها الهام‌بخش جویندگان حقیقت و رهروان فقاهت اصیل جعفری خواهد بود.